¿Tiene esta expresión connotaciones de canibalismo....? La respuesta en no.
Sencillamente es utilizada para definir una situación en que una persona sale derrotada de una discusión o cuando los argumentos sustentados para defender una teoría se caen frente a la contundencia de los demás.
A fulano "se lo comieron vivo" cuando quizo insinuar que el sol no era el centro del sistema planetario. También es usada para definir el impacto de un fuerte regaño.